Первая деревянная церковь во имя Исаакия Далматского была основана Петром 1 в 1710 году против здания адмиралтейства.В 1727 г.на месте нынешнего памятника Петру I была построена вторая, но уже каменная церковь,по проекту арх.Маттарнови.В 1768 г. по проекту арх.Ринальди был заложен третий Исаакиевский собор.Достоен он был только в 1802 г.арх.Бренна по измененному проекту.Вскоре после этого было приступлено к постройке 4-го Исаакиевского соборана том же месте, где находился третий, с частичным использованием его стен и фундаментов.На лучший архитектурный проект соборадважды объявлялись конкурсы(в 1813 и 1817 гг.), в которых принимали участие лучшие архитекторы того времени: Воронихин, Мельников,Адамини и др.

Помимо конкурсов Александр I выбрал для осуществления один из 24-х вариантов собора, представленныхему в особом альбоме только что приехавшем в Россию французским архитектором Огюстом Монферраном.Проект собора,разработанный Монферраном по этому варианту был утвержден 20-го февраля 1818 г.Одновременно была учреждена особая Комиссия по перестройке Исаакиевского собора, в которую вошли известные инженеры-Бетанкур,Карбоньер,Опперман и др.

Закладка собора состоялась 26 июля 1819 г.В конце следующего года проект Монферрана и способ ведения им строительных работ подвергся весьма основательной критике со стороны архитектора Модюи.В 1822 г.работы по постройке собора были приостановлены и возобновлены только в 1825 г., после длительной работы над проектом специального Комитета, созданного для этой цели при Академии художеств, а затем и самого Монферрана.Новый проект Монферрана, в котором он использовал опыт работы Комитета, и в частности, проект арх.Михайлова 2-го, был конфирмован Аракчеевым 3-го апреля 1825 г.С этого времени начинается 2-й период строительства собора.Весь 1825 год ушел на изготовление чертежей и подготовительные работы, 1826 году закончена свайная бойка и фундамент по новому проекту.В 1827 году производилась кладка стилобата.20-го марта 1828 г.установлена первая гранитная колонна портиков собора.

Установка колонн закончена к 11 августа 1830 г.В 1831 г.начата кладка стен и пилонов.В 1838 г.приступлено к постройке барабана и купола с фонариком, все чугунные и железные конструкции которых, вместе с медной позолоченной обшивкой купола , исполнил завод Берда.В 1842 г. здание собора, за исключением бронзовых скульптурных деталей,было вчерне закончено..Однако, доделка его, и главным образом, внутреннее оформление, заняли еще 16 лет.Проект внутренней отделки собора, исполненный Монферраном, был утвержден в начале 1843 г.30 мая 1858 г.собор был освящен.Строительство его продолжалось, таким образом, 40 лет.В последующие годы написанные на холсте маслом иконы заменялись мозаичными картинами.Работу эту делали русские художники-мозаичисты:Алексеев, Лебедев, Хмелевский и др.Всего для собора было исполнено около 600 кв.метров мозаик.

В 1733 г. императрица Анна Иоанновна отвела место для финского молитвенного дома по Большой Конюшенной улице и пожертвовала на ее постройку 500 рублей.Церковь была освящена в 1734г.В 1745г. от финской церкви отделились прихожане шведы, построившие в 1767 г.для себя каменную церковь на участке, смежном с участком Финской церкви.

В 1803-05 гг.финны также построили каменную церковь, назвав ее Церковью св.Марии.Автор постройки неизвестен. Сведений о перестройках здания в 1-й половине XIX века не имеется.В 1871 г. архитектор К.Андерсон разработал проект перестройки здания церкви с частичным изменением ее главного и боковых фасадов." окна на главном асаде при этм переделывались в двери,внутри сооружались хоры в 2 яруса,вследствие чего на боковых фасадах окна были перебиты.В конце XIX века главный фасад подвергся переделке по проекту архитектора Л.Н.Бенуа.

В 1936-37 гг. внутри здания сооружено сплошное пререкрытие и произведена перепланировка с целью использования здания под жилье.